通過質(zhì)譜的蛋白分析和鑒定首先要求將蛋白打碎成組成的肽段。一旦蛋白被打碎，肽段可以被分離通過使用反向色譜柱然后使用質(zhì)譜來檢測(cè)肽和肽段。
1、蛋白酶和蛋白的鑒定
通過蛋白酶打碎蛋白來用分析，其中最常用的是胰蛋白酶. 蛋白酶是序列特異性的從而能夠產(chǎn)生最好的蛋白消化。其他蛋白酶用于特定性的序
列， 然而更加多樣性的全面性的蛋白酶或許用于整個(gè)質(zhì)譜的過程。理想情況下，用于質(zhì)譜的蛋白酶能夠適用于多種策略用于消化同時(shí)已經(jīng)在質(zhì)譜儀
器配套使用中中已經(jīng)得到檢測(cè). 當(dāng)提到蛋白酶，消化時(shí)間和切割特異性是最重要的因素。消化時(shí)間或許影響質(zhì)譜結(jié)果的可靠性，而切割會(huì)影響分離
的肽。
2、蛋白酶的分配，運(yùn)輸和儲(chǔ)存
蛋白酶在溶液中和膠中產(chǎn)生出來，單獨(dú)的蛋白酶被分離出來，這樣可以有用和方便的在實(shí)驗(yàn)室中使用。溶液中的蛋白酶傾向于用于小量的樣
品， 而膠中的懸浮液用于更加復(fù)雜的操作需要余外的控制。不管怎樣，蛋白酶的質(zhì)量是平等的進(jìn)行驗(yàn)證，蛋白酶的效果應(yīng)該是連續(xù)的。
3、在質(zhì)譜中胰蛋白酶的角色
胰蛋白酶的特性使它非常適合于質(zhì)譜的鑒定，這就是胰蛋白酶為什么是最常見使用的蛋白酶。胰蛋白酶能夠切割蛋白到非常適用于質(zhì)譜的尺
寸，在 700 到1500道爾頓. 除此之外，胰蛋白酶是有效的和多樣性的, 能夠包含其他所需要的添加劑因此可以根據(jù)測(cè)序完成的情況進(jìn)行方案的定
制。胰蛋白酶對(duì)于賴氨酰-脯氨酸化學(xué)鍵和精氨酰-脯氨酸化學(xué)鍵進(jìn)行非常有限的切割，而留下在精氨酸和賴氨酸殘基羧基端的肽鍵。最重要的，胰
蛋白酶能夠最好的消化蛋白用于肽段分析和測(cè)序分析。這使它成為得到可靠結(jié)果最快和最容易的方式。
胰蛋白酶在實(shí)驗(yàn)室中的用處
在質(zhì)譜的使用中，胰蛋白酶用于品質(zhì)和甲基化的測(cè)試用于提高實(shí)驗(yàn)室中的穩(wěn)定性。胰蛋白酶可以高度抵抗降解和自溶，在標(biāo)準(zhǔn)的溫度下它非常穩(wěn)
定。 從實(shí)用角度講，胰蛋白酶對(duì)于實(shí)驗(yàn)室來說是很有價(jià)值的因?yàn)樗母叨确€(wěn)定性; 它不需要額外的關(guān)注不管是運(yùn)輸還是儲(chǔ)存。豬和牛來源的胰蛋白
酶對(duì)于質(zhì)譜應(yīng)用來說效果都不錯(cuò), 不過豬胰蛋白酶更加常見。胰蛋白酶通常在特定體積的再懸浮緩沖液中保存提供。通常推薦胰蛋白酶蛋白比率
在 1:20和 1:100 在質(zhì)譜過程中.
當(dāng)操作質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)的時(shí)候,通常手頭有最好的消耗品是非常重要的。質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)會(huì)因?yàn)榈鞍酌覆环€(wěn)定或蛋白沒有得到充分消化而失敗。為了質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)的目
的，胰蛋白酶是經(jīng)過精制的，穩(wěn)定的，經(jīng)過測(cè)試的來保證它會(huì)提供可靠和準(zhǔn)確的結(jié)果當(dāng)用于質(zhì)譜鑒定的時(shí)候。盡管也有其他的蛋白酶可以用于質(zhì)譜
實(shí)驗(yàn)，胰蛋白酶可以提供最好的和最可靠的讀數(shù)。
